Verdeckreparatur - Elektronik und Mechanik?

Hallo zusammen,
mein Verdeck schließt nicht mehr, musste es manuell schließen, war in Werkstatt mit folgender Diagnose:
Hydraulikleitung links geknickt, Bautenzug links muss erneuert werden und Grundkonfiguartion (Software) für Verdeck muss neu aufgespielt werden (E46 Cabrio Baujahr 2001). Laut Aussage Werkstatt muss ich direkt zu BMW... wegen der Software (kann sonst niemand machen!?).
Kann ich die Mechanik separat zur Software richten lassen? Macht das Sinn? Oder verlier ich dabei Gewährleistung...?
Kennt jemand eine gute Werkstatt in der Umgebung München, die das kann (ausser einer BMW Niederlassung)?
Wer kann mir Tipps geben? (Anmerk.: die normalen Autosattlereien können das nicht!). Vielen Dank