Servus,
mir gefällt der e90 eigentlich bis auf das Heck sehr gut. Am Heck braucht man unbedingt Blackline Rückleuchten 
Auch vom Fahrgefühl kann ich eigentlich nicht meckern. Ich kann ja jetzt direkt vergleichen, da meine Mutter einen e90 320i hat.
Der Innenraum ist gewöhnungsbedürftig, etwas "kalt"
Nun zu den angesprochenen Mängel im e90.
Ich kann dir mal einen der ersten Threads im e90 Forum empfehlen:
http://www.e90-forum.de/wbb2/thread.php?threadid=6
Hier steht schon einiges an Informationen drin...
zu unserem 320i sei nur soviel gesagt:
Austausch der Kupplung auf Kulanz bei 33000 km
Austausch einer defekten Zündspule bei ca. 38000 km, ebenfalls auf Kulanz.
Auf alle Fälle würde ich deine Frage auch eher nochmal im e90-forum stellen. Wie bereits angesprochen sind hier viele ehemalige e46 Fahrer. Die haben den besten Vergleich 
Viele Grüße
Markus