Ich würde das Radiomodul noch nicht abschreiben, aber es ist für mich nicht der wahrscheinlichste Kandidat. Beim HiFi-System hängt an jedem Lautsprecher ein eigener Endstufenkanal, und dass Kanäle nacheinander ausfallen, bis am Ende nur noch einer spielt, passt viel besser zur Endstufe als zum Radiomodul. Ein defektes Radiomodul nimmt dir normalerweise alles auf einmal weg, nicht Stück für Stück.
Messen statt tauschen: Musik laufen lassen und an den Lautsprecheranschlüssen mit dem Multimeter im Wechselspannungsbereich nachsehen. Liegt an einem stummen Lautsprecher keine Wechselspannung an, obwohl die Endstufe Strom und Masse hat, ist der Kanal in der Endstufe tot. Liegt Spannung an und es bleibt still, ist der Lautsprecher selbst durch.
Die Endstufe sitzt beim E46 im Kofferraum, meist links hinter der Verkleidung. Diese Verstärker sind für kalte Lötstellen und sterbende Endstufen-ICs bekannt, das lässt sich oft nachlöten, sonst tut es ein gebrauchtes Teil. Das ist deutlich günstiger, als am Radiomodul anzufangen.