Die Standheizung (Wasserheizung) ist doch per Kabelbaum/Modul mit deiner (vermute mal) automatischen Klimaanlage (Steuerteil) verbunden, damit die Lüftung angesteuert werden kann. Bei der Anbindung wird der Fehler liegen.
Hast du die Heizung neu gekauft, wer hat sie verbaut und war sie für den E46 ausgeführt? 
Und wird dann wohl auch der Fehler liegen !
Also nochmal überprüfen, wir können hier nur raten 
Ich kann mir nur vorstellen, das dein Problem von einem eventuell falsch belegten Kabelbaum (Fahrzeugspezifisch) kommen kann. Einen Schaltplan findet man ja bei Google. Vielleicht gibt es mehrere Kabelbäume für die Anbindung, wie es ja auch mehrere Varianten des Klimabedienteils gibt.
Weiterhin könnte es ja sein, das du nicht mehr das originale Klimabedienteil drin hast und es eventuell falsch codiert ist.
Ich könnte mir vorstellen, das nicht die Heckscheibenheizung, sondern die Umluftfunktion angesteuert werden sollte.
Okay werde dann mal mit Hilfe von Google den Fehler suchen und mein verlängertes Wochenende der Fehlerbehebung witmen.
Danke für die Antworten und Vermutungen 
Vorher hattest du das Problem ja nicht, also muss es von der Verkabelung kommen.
Berichte aber mal obs was gebracht hat !
