Bestell auch neue Dichtungen für die Steckanschlüsse der Kühlerschläuche.
Bei mir isser da nach dem Kühlerwechsel undicht geworden da die alten Dichtungen wohl nach dem Öffnen der Schellen nicht mehr so richtig wollten wie sie sollten 
Und schaue dir vorher mal ein paar Youtube Videos zum entlüften vom M54 / M52 Motor an. Das ist beim E46 etwas tricky.
Wenn ich mich recht entsinne, muss du den Wagen dafür vorne links aufbocken, da sich sonst irgendwo Luftblasen anstauen und hinterher die Heizung immer noch nicht funktioniert.
Ich habe dafür auch zwei Anläufe benötigt.
ABER was mich wundert:
Warum diagnostiziert BMW einen undichten Kühler, obwohl angeblich kein Kühlwasseraustritt zu sehen ist?!?