Angeblich ein bekanntes e46-Problem - ich habe es hier allerdings nicht gefunden:
Meine Klimaautomatik läuft manchmal - besonders nach dem Start - unregelmäßig. Die Luft strömt in unterschiedlicher Intensität und es klingt, als würde die Anlage `atmen`. Ich wußte zwar, dass mein Auto lebt, das scheint mir aber eher ein Defekt. Ich habe mal etwas von einem defektem Widerstand gelesen...?
Kann mir jemand helfen? 
Ist allerdings ein bekanntes Problem. Den Widerstand welchen du meinst ist die sogenannte Gebläseendstufe, welche die Drehzahl für den Lüfter (nicht den im Motorraum) der Klimaanlage regelt.
Deine Lüftung dreht also selbstständig hoch und runter, ohne dass du am Bedienteil was änderst und der AUTO Modus für die Klimaanlage aktiviert wäre.
Bei manchen läuft dann die Lüftung auch dauerhaft, selbst nach ziehen des Zündschlüssels.
Deine Stichworte für die Suche oder Google sind demnach "Gebläseendstufe" bzw. "IGEL". Austausch ist selber machbar, aber ein wenig frickelig...Anleitung dazu findest du auch im Netz. Die Endstufe befindet sich mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit im Handschuhfach bzw. dahinter Richtung Fahrzeugmitte.
Hab ich auch schon mal ausgewechselt bei mir. Ich kann mich noch erinnern, dass das keine schöne Arbeit war...
Hab ungefähr 1,5 Stunden gebraucht, glaub ich... (Ja ich weiß, ich bin langsam 
)
Habs nach dieser Anleitung gemacht. Vllt.hilft dir das:
