Bei solchen Problemen denke ich zuerst mal an den Luftmassenmesser. Der ist gerne mal defekt oder verschmutzt und scheint im Fehlerspeicher oft nicht auf.
Natürlich könnten auch verschmutzte Filter die Ursache für solche Drehzahlschwankungen sein.
Was macht dein AGR Ventil? Schon mal da nachgeschaut?