Ich hörte es genau andersrum, lieber Bremispulen statt Bosch.
Bei den Kerzen nehme ich immer originale von NGK.
Damit sollte ja der Motorlauf dann erstmal behoben sein. Ein Loch im Hosenrohr ist ein akustisches Problem und verursacht kein stottern des Motorlaufs.
Zu deinem Elektrikproblem:
Mit einem digitalen Multimeter (egal wie teuer) wirst du nie sehen ob dein Regler zu 100% arbeitet, dafür ist das Multimeter einfach zu lahm.
Aufschluss gibt dir nur ein Oszi, da kannst du zumindest erkennen ob alle Leistungsdioden ordentlich arbeiten (Thema Gleichrichtung).
Das vllt neben der Befestigung der Masseverbindungen als erstes prüfen.