Viele Leute sagen dass der E46 der letzte schöne BMW ist, der noch die "alten" BMW-Stilelemente aufweist: schlanke Seitenlinie, Doppelscheinwerfer, Doppelniere, fahrerorientiertes Cockpit usw.
Der Nachfolger E90 ist meiner Meinung nach mehr eine große Familienkutsche, die zwar sehr elegant und geräumig ist, aber dafür nicht mehr diese "Schnittigkeit" aufweist, der E46 hat da einfach mehr "Sex". 
Die E90 Limo ist von schräg hinten betrachtet kein wirklich schönes Auto, es sei denn man hat das komplette M-Paket mit den dunklen Heckleuchten dabei, dann geht's halbwegs.
Ein weiterer wesentlicher Punkt warum ich E46 fahre ist sicherlich der Kostenfaktor. Ein E90 ist natürlich viel teurer in der Anschaffung, und der Wertverlust bei einem relativ neuen Wagen (oder gar einem Neuwagen) für die nächsten sagen wir mal 3 Jahre wird beträchtlich höher sein als bei einem E46.
Weiters hat man von den ersten Modelljahren des E90 (2005, 2006) auch nicht viel gutes gehört, die Defektanfälligkeit und Kinderkrankheiten sind da nich recht stark ausgeprägt. Ich persönlich finde auch dass die Innenraum-Materialien doch etwas billiger wirken und noch mehr nach Plastik aussehen.
Aber frag' mal im E90 Forum nach - da gibt es viele Leute die vorher einen E46 hatten und die können dir sicher über die Vorzüge des E90 berichten 