Uund den geilen temperatursensor im kopf nicht vergessen umzubauen, falls es dort das selbe spiel wie beim m54 ist.
Software wirst umschreiben lassen müssen. Ich denke nicht, dass die E39 schlösser alle in den E46 passen, weil logischerweise müsstest du sonbst DME, EWS, Schlösser und Schlüssel alles übernehmen.
Für das Geld was du da hin und her baust und eintragen lässt und Gedöns.. kaufst dir lieber noch nen 28er Motor und baust nur den E46 auf 28er um.
(Und halt zumindest die Bremsanlage dazu).
Ist bestimmt günstiger als hin und her bauen, Teile neu machen, und bei beiden eintragen lassen.