Da der Aux-Adapter am Bordradio angeschlossen wird, ist es nur interessant, welches da verbaut ist. Der Navi-Rechner (MK3/MK4) hat nichts damit zu tun.
Vom Baujahr her müsstest Du bereits ein BM54 haben. Aber die frühen BM54 vor 9/02 konnten halt kein Aux. Jetzt kannst Du also entweder ein neueres BM54 nachrüsten (teuer) oder eben ein Interface verwenden, das einen CD-Wechsler vortäuscht. Ich hab z.B. ein Dension Gateway 300, das hat sowohl Aux- als auch USB-Anschluss (für MP3s vom USB-Stick) und ein iPhone-Interface. Gibt aber noch viele andere Hersteller solcher Interfaces, auch z.B. mit Bluetooth. Da diese Teile hinten am Bordradio angeschlossen werden, musst Du die gewünschten Anschlüsse nach vorne verlegen, wo Du sie haben willst.