Ein E39 und ein E46 sind eigentlich nicht vergleichbar vom Fahrgefühl her, auch wenn sie den gleichen Motor haben.
Der E46 330i ist halt gesucht, daher auch das Preisniveau. Ich würde durchaus mal einen 325i in Betracht ziehen, die sind oft recht gut ausgestattet. Ein VFL E90 mit nem N52B25 oder N52B30 wäre auch zu überlegen, das ist immerhin der letzte Reihensechser ohne DI. Und das Auto ist jünger, das darf man bei aller Liebe zum E46 nicht vergessen. Ein E90 325i geht auch nicht wirklich viel schlechter als ein E46 330i.
Zu den Schwachpunken findest Du hier im Forum genug. E46 mit niedrigem Kilometerstand sind verhältnismäßig teuer und daher lukrativ für "Tachojustierung". Daher sollte die Servicehistorie bei solchen Fahrzeugen makellos sein. Andererseits sind die Kilometer meiner Meinung nach weniger wichtig als ne rostfreie Karosserie. Motor, Getriebe, Fahrwerk und auch Innenausstattung kann man überholen, aber wenn der Rost mal nagt wirds teuer und aufwendig. Schränke Deine Suche nicht zu stark ein, so manche Ausstattung kann man ganz gut nachrüsten, wie etwa Tempomat/MFL oder den automatisch abblendenden Innenspiegel.