Nochmal auf deine Feuchtigkeitssache: Du schreibst Dämmmatten.
Also wie ich's von meinem Compact kenne (der ist aber türtechnisch etwas anders aufgebaut, kann also sein, dass das bei dir anders gelöst ist), hast du unter der normalen eingeclipsten Türverkleidung den Seitenairbag auf Metall (also noch im "Trockenbereich"), daneben eine größere "Öffnung", die eben nur durch diese graue Schaumstoffmatte (ist irgendein leicht aufgeschäumter Kunststoff) vom Türinneren "abgeschirmt ist. Diese Matte ist mit einer Butylschnur, die extrem stark klebt, ringsrum ans Türblech geklebt. Reden wir da von den selben Dämmmatten?
Diese Klebung mit der Butylschnur ist auf jeden Fall eine Schwachstelle, gibt viele Leute hier im Forum die damit Ärger hatten. Ich hatte auch das Problem, aber bei mir lag es daran, dass wohl beim Fensterheber reparieren beim Vorbesitzer das Kabel von der Spiegelverstellung an der falschen Stelle durch die Butylschnurdichtung geführt wurde... Dadurch konnte Wasser entlang der Kabel laufen, was aber nur passiert ist, wenn ich das Auto an der Schräge geparkt habe oder das Wasser vom Fahrtwind gegen die Kabel gedrückt wurde. Nicht das da bei dir auch so etwas der Fall ist/war (gerade da du schreibst, dass bei dir der Fensterheber repariert wurde und das zufällig auf der gleichen Seite wie der Wasserschaden)? Wie gesagt, einfach mal mit dem HD-Reiniger die Scheibe absprühen hat bei mir keine Nässe zum Vorschein gebracht.
Ansonsten gibt's auch noch ein ganz simples Problem, dass die Nässe erklären könnte: Unsere Gurt-Aufrollmechanismen sind alle nicht mehr die Jüngsten und tun das zum Teil mehr schlecht als recht. Mir ist es schon ein paar mal passiert, dass der Gurt auf Beifahrerseite in der Tür eingeklemmt war. Sowas kann dann bei einem ergiebigen Schauer natürlich schnell 'nen See im Auto fabrizieren - und nichts Böses ahnend steigt man ein ohne den Gurt zu beachten und wundert sich erst nach ner viertel Stunde Fahrt, warum sich die Jeans von unten her langsam vollsaugt... 
Bedenke, falls du den Wagen wirklich abstoßen willst: Wer garantiert dir, dass der nächste Wagen nicht andere Probleme hat? Kein Auto ist mängelfrei (leider) und ein Montagsauto vor dem Kauf als solches zu erkennen ist nicht so einfach. In deinem Auto bist du hingegen die letzten Jahre ja problemlos unterwegs gewesen und erst jetzt gibt es Probleme - wobei du 2 schon behoben hast (Fensterheber, Querlenker), ein drittes eventuell auch nicht mehr auftritt (Wassereinbruch) und das aktuelle - mit guter Wahrscheinlichkeit - mit einem noch erträglichen finanziellen Aufwand zu beheben ist.
Hast du eigentlich mal über den Wechsel deiner Vertragswerkstatt nachgedacht? Was ich so rauslese bist du zumindest nicht sehr zufrieden / traust ihnen nicht. Bei meinem Ex-Auto (Seat Ibiza) war ich mit den ersten drei Werkstätten, die ich in Anspruch genommen habe, unzufrieden (davon 2x aus dem VAG-Konzern und 1x freie Werkstatt), erst mit der Arbeit der vierten (wieder VAG) war ich dann zufrieden.
Gruß und gute Besserung für deinen E46
ZwoCa