Erstmal Glückwunsch zu dem schönen E46 mit tollem Motor, aber auch wenn du wenig Zeit hattest - bei so einer Investition hätte ich schon genauer hingeschaut... Jetzt hast du halt leider den Salat.
Was mir zu deinen Problemen noch einfällt:
- Das Schwimmen kann auch von defekten Dämpfern herrühren, vor allem hinten. Ich hatte genau die selben Symptome, bei mir waren beide Dämpfer an der HA im Sack. Am besten hochnehmen, Räder abmontieren und nachprüfen. Dann auch gleich alle Lager, Querlenker, Hinterachsaufnahme sowie Kardanwelle und Differential (Schaltgeräusche) überprüfen!
Das Ruckeln beim Schalten, ist das eher so ein dumpfer Knall/ein dumpfes Poltern? Dann liegt es beim E46 meist am ausgeleierten Differential (mit dem Alter zu viel (Spiel). Nimm den Wagen mal hoch und dreh kräftig an der Kardanwelle. Wenn es sich merklich bewegen lässt, und beim hin- und herbewegen ein metallisches Knallgeräusch erzeugt, dann solltest du dich nach einem gebrauchten (PASSENDEN) Diff umschauen. Brauchbare gibt es ab 200 € aufwärts. Ich hab monatelang das ganze Internet beobachtet 
Hab auch erst die Hardyscheibe ausgewechselt, war noch die originale mit 250 000 Km drin, hatte auch Abnutzungsspuren, aber an der lags am Ende leider nicht - sondern eben am Differential. Seit ich das gewechselt habe, hab ich keine übermäßigen Geräusche mehr beim Schalten/Kuppeln.
