Mahlzeit!
Ich greife das Thema noch mal auf, da bei meinem Coupe auch der hintere Ablauf auf der rechten Seite verstopft ist. Kann mir jemand sagen, wo sich die Ablauföffnung beim Schiebedach in etwa befindet? Ich sehe nur die Öffnungen für die vorderen Abläufe. Kommt man da so ran oder muss dafür womöglich tasächlich das Schiebedach ausgebaut werden? 
Ich hatte auch mal ein Klappern aus dem Bereich des Tieftöners in der Beifahrertür. Bei mir hat damals ein Clip dort unten nicht richtig gesessen. Man muss beim Einbau der Verkleidung schon aufpassen, dass auch alle Clips wirklich einrasten und nicht umknicken.
Wenn die bei dir aber wirklich alle sitzen, könnte tatsächlich die Box selber kaputt sein oder die Türverkleidung verursacht das Geräusch, wenn sie nicht mehr ganz plan an der Tür selbst anliegt. Es gibt ein paar Berichte darüber im Netz. Dort soll sich die Verkleidung im Laufe der Jahre etwas verzogen haben, wodurch das Klappern begünstigt wird. Ich habe damals vorsorglich einmal an der ganzen Verkleidung herum - wo die Verkleidung an der Tür anliegt - Filzstreifen aufgeklebt, damit kein Freiraum zwischen Tür und Verkleidung entsteht.
Neue Clipse sollten das Klapperproblem schon beseitigen. Die neuere Version der Clipse hat auch kleine Moosgummiringe verbaut, die zusätzlich Geräusche vermeiden sollten. Die alten, verbauten Clipse haben das teils (je nach BJ?) noch nicht.
Bei mir war nach Demontage der Türverkleidung mal ein einziger Clip nicht richtig eingerastet und schon hat auch alles geklappert wie Sau... 
Die Nieren sind spitze! 
Ich habe mir auch (trotz schwarzem Lack) die schwarzen Performance-Nieren gekauft und finde es einfach stimmig! Anfangs war ich noch sehr skeptisch, da mit den Nieren jeder Kontrast fehlt. Aber irgendwann fand ich es dann doch ganz schick und habe sie mir gekauft - und bin froh über diese Entscheidung. 
Multifunktion inkl. Tempomat ist noch ein nützliches und optisch aufwertendes Gimmick, welches sich obendrein noch leicht realisieren lässt.
Kein Problem! 
Falls der Ansaugstutzen auch durch das korrekte Aufschieben nicht mehr genug abdichten sollte, solltest du in den sauren Apfel beißen und den kompletten Ansaugstutzen neu kaufen.
Die erwähnten Geräusche könnten, wie bereits von rol.x erwähnt, tatsächlich dadurch verursacht werden. Berichte einfach mal nach einer Probefahrt! 
Ich bin mir da zwar nicht ganz sicher, aber da an dem Ansaugstutzen auch Spuren zu sehen sind, würde ich eher sagen, dass das umgekehrt aufgeschoben wird! Das erklärt auch, weshalb der Stutzen aufgeplatzt ist.
Sehr schickes Auto! Sieht meinem verdammt ähnlich. 
Baujahr und -Monat sind sogar identisch, habe nur einen anderen Motor verbaut
Was die Veränderungen angeht:
Ich würde den Wagen noch etwas tieferlegen, andere Felgen in 18 Zoll montieren (nicht in schwarz, da würde mir bei dem Lack der Kontrast fehlen) und ganz wichtig: Den ESD gegen den von einem Sechszylinder Benziner tauschen! Ich finde die nach unten gebogenen Endrohre vom Diesel immer schrecklich.
Das mit der Katatrappe halte ich auch für Schwachsinn. Sowas riecht man teils sehr deutlich, außerdem dürfte die AU dann auch nicht mehr so rosig ausfallen 
Zudem hast du motornahe Kats, die in die Krümmer integriert sind. Damit müsstest du auch die Krümmer austauschen. Das wäre zwar auch eine gute Möglichkeit für Sound -> Fächerkrümmer und Sportkats dahinter. Allerdings bekommst du sowas auch kaum mit Gutachten.
Der E39 hatte sicherlich noch den "alten" M52 mit den normalen Kats hinter dem Krümmer. Da ist es zumindest deutlich einfacher, diese zu entfernen.
Wenn du mehr Sound möchtest, kannst du dir einen Sport-ESD und/oder Soundrohre als Ersatz für VSD und/oder MSD verbauen. Evtl. auch den Performance Luftfilter. Den habe ich auch verbaut, ist wirklich sehr empfehlenswert! Allerdings ist der eigentlich für die M54 Motoren. Ob der ohne weiteres beim M52TU passt, kann ich dir nicht genau sagen. Sollte aber eigentlich funktionieren, sofern der LMM den gleichen Durchmesser wie bei 325i oder 330i hat.
Wenn es dir um den Sound im Innenraum geht, wäre ein Soundgenerator vom 325ti oder Z4 auch noch eine Möglichkeit.
Musste bei meinem 325Ci auch gerade erst den Kühler wechseln und habe einen von Valeo genommen (~100€). Hat alles problemlos gepasst und ist ebenso für Schalt- und Automatikgetriebe passend. Da sind dann zwei unterschiedliche Stopfen bei, die den Ausgang für die Getriebekühlung verschließen oder eben nicht.
