Du darfst das "weich" da nicht zu wörtlich nehmen - ich habe es doch nicht umsonst in Anführungsstriche gesetzt und durch das vorangesetzte "eher" zusätzlich relativiert. 
Letztlich meinte ich nur, dass die Karosserie des E46 Cabrio nicht die verwindungssteifste ist. Und in dem Bereich trifft halt der mittlere Teil der Bodengruppe, in dem u.a. mangels eines festen Dachs durchaus beim Fahren etwas mehr Flex/Bewegung ist, auf einen anderen Teil, der besonders steif ist, den Bereich der beim Cabrio für den Überrollschutz noch zusätzlich versteiften A-Säule.
Dünner Lack an der Kante könnte auch ein Faktor sein. Könnten aber nicht auch unsere beiden Punkte zusammenkommen?
Jetzt vielleicht mal doof gefragt - eine wenn auch dünnere, aber doch geschlossene, Lackschicht sollte doch an sich erst mal kein Problem sein? Wird es nicht erst problematisch, wenn diese Lackschicht gewissen "Stressfaktoren" ausgesetzt wird? Welche könnten das an der Stelle sein? Eher keine Steinschläge oder Kratzer. Abnutzungen durch Politur o.Ä. dort wohl auch eher wenig bis nicht.
Reichen da Nässe und Schmutz oder Salzlauge auf einem dünnen, aber sonst geschlossenen, intakten Lack? Oder könnten es doch auch minimal divergierende Bewegungen im Metall unter dem Lack sein, durch den dortigen Übergang eines "weicheren" Karosserieteils, zu einem "steiferen"? Durch die dann die Lackschicht gerade an dieser schwächeren Stelle - mikroskopisch? - reißt?
Ich denke, keiner von uns wird das wissenschaftlich untersuchen wollen. Wichtiger ist am Ende sicher, dass man sich der Problemstelle bewusst ist/wird - und sie im Auge behält.
Da eine Extraschicht Klarlack aufzubringen, hilft sicherlich.
Wie wäre es, zur Versiegelung eventueller Mikrorisse, da nutzungsabhängig - vielleicht jährlich? - noch mal mit Owatrol drüberzupinseln?