Ich würde da einen erheblich größeren "Verlust" an Fahrzeugen erwarten über 9 Jahre. E46 sind noch nicht selten, aber auch nicht mehr häufig im STrassenbild.
Also ersmal sind alle bisher vorgestellten Zahlen nur die M54 bzw. M52TÜ Zahlen zum E46 - sämtliche R4 Benziner und alle R4 oder R6 Diesel sind in diesen Zahlen gar nicht enthalten. Nur so viel vorweg - der Schwund ist hier höher da auch die Ausgangsbasis wesentlich höher ist. Das könnte dann Deine Wahrnehmung erklären, behalte den Thread im Auge die Zahlen für alle anderen Motoren folgen und dann auch die Gesamtzahlen für Deutschland.
Speziell auf die M54 bezogen, finde ich die Quote nachvollziehbar - wir sprechen hier über Autos die neu mindestens 30t Euro gekostet haben, tendenziell eher 40t und somit kein Wald- und Wiesen-Golf/Renault/Astra der mit 10 Jahren runtergerockt für 3T Euro in den Export geht.
Speziell die Cabrios haben meist eine gute Herkunft mit Pflege und sind nach den durchschnittliche 9 Jahren Lebensdauer vielleicht bei 100 bis 120tkm und damit bei der Hälfte angekommen. Selbst 250tkm ist für einen M54 oder 320d oder 330d kein Thema - die gute Qualität schlägt sich auch in den verfügbaren Wagen nieder - der E46 ist beileibe noch kein Exot. Und 2008 waren die letzten Wagen aus dem 3-Jahres-Leasing raus und ginge in private Hand über. Heute sind diese Wagen 12 bis 13 Jahre und kommen in eine kritische Phase für die Besitzer: lohnt die Investition oder soll es ein neuer Wagen werden - der Schwund wird in den nächsten 2 bis 3 Jahren massiver werden.
Evtl. hinkt das KBA bei der Abmeldung oder der Deaktivierung von Fahrzeugen hinterher.
Sämtliche An- und Abmeldevorgänge sind mittlerweile automatisiert - bevor du in Deutschland ein Auto zugelassen bekommst, benötigst du die elektronische Versicherungsnummer und mit der geht mittlerweile alles automatisch zwischen den Zulassungsstellen, den Versicherungen und dem KBA. Das KBA mag da sicherlich noch mal eine eigene Datenbank haben die vielleicht nicht just-in-time mit diesen Zahlen gefüttert sondern über Schnittstellen periodisch geladen wird, aber die Zahlen Stand 01.01. kommen ja auch nicht gleich am 2 Januar raus sondern auch erst später. Daran sollte es wirklich nicht liegen.
In den 2008 Zahlen sind ja fast alle je gebauten und in D zugelassenen e46 drin bis auf die durch Diebstahl oder Totalschaden verlorenen Exemplare. Der damalige Verkauf ins Ausland war sicher nur marginal,
Ich glaube du unterschätzt das vom E46 ca. 3,5 Millionen Fahrzeuge gebaut wurden aber nur geringer Teil davon in Deutschland zugelassen wurde. Der E46 ist ein weltweites Erfolgsmodell gewesen und wurde in viele Länder verkauft - diese Wagen waren nie in Deutschland unterwegs oder tauchen folglich auch nicht in der KBA Statistik auf, sind aber die Mehrzahl der E46 weltweit. Der Anteil des Heimatmarktes liegt bei BMW je nach Modell nahezu nie höher als 15%.
Lauter unnützes Wissen mit leichtem Hang zur Nerdigkeit. Die Geschichte hinter meine Coupe ist, dass er einen Tag nach meinem Geburstag gebaut wurde - läßt sich damit super merken und eigentlich als 323Ci bestellt war aber dann doch ein offizieller 2,5er wurde 
Habe ich bei meinem mal probiert und ja die sind pro Jahr und Motor/Bauform offensichtlich durchnummiert. So weiss ich dass ich eines der ersten weltweit 500 gebauten 325Ci Coupes aus Regensburg habe