Hallo und willkommen im Forum.
Ich würde mal sagen, Du hast ein Problem mit Falschluft. Da gibts hier im Forum genug Lektüre. Du solltest auch mal mit der richtigen Software den Fehlerspeicher auslesen (lassen), dann gibts auch wesentlich mehr und genauere Informationen.
Links in dem Diagramm sieht man doch den Subwoofer und der hängt direkt am Verstärker. Die hinteren Lautsprecher in dem Diagramm sind Hoch- und Tiefmittelttöner, wohl mit einer einfachen Weiche oder sogar nur nem Kondensator vor dem Hochtöner passiv getrennt.
Wenn ich das richtig verstehe, betreibst Du jetzt h/k-Lautsprecher mit der Endstufe vom HiFi-System, oder? Dann brauchst Du für den Woofer in jedem Fall noch einen Verstärker, weil der HiFi-Verstärker dafür keinen Ausgang hat. Oder Du besorgst den passenden h/k-Verstärker und baust richtig um. Die h/k-Verstärker sind spezifisch für die Karosserieform, Du brauchst also einen fürs Cabrio. Raumklangschalter gibts beim Cabrio im übrigen nicht, da hier die Abstimmung des h/k-Verstärkers über die Verdeckposition umgeschaltet wird.
Steuergerät vom E-Lüfter ist fest im Lüfter verbaut, musst also den kompletten Lüfter tauschen.
OK, damit wird APC + Dampf problemlos fertig. Dann ist auch gleich desinfiziert. Mit dem Dampfreiniger halt nie länger auf einer Stelle bleiben, immer bewegen. Bei empfindlichen Oberflächen ein Mikrofasertuch über den Bürstenaufsatz ziehen, aber im E46 gibts ja diesen Unsinn mit den Hochglanzplastik noch nicht.
Also wenn der Kunststoff durch viel Betätigung schon glattgewetzt ist, hilft auch keine Reinigung mehr, der bleibt dann glänzend.
Meine Hauptwaffe im Innenraum ist ein APC (Koch Chemie Green Star) oder ein guter Innenraumreiniger (Surf City Dash Away) und dann mit dem Dampfreiniger mit Bürstenaufsatz bearbeiten. Anschließend mit nem Mikrofasertuch den gelösten Schmutz abnehmen.
Ich bin echt froh, dass ich das hinter mir habe. Nochmal würde ich das nicht durchmachen wollen, und damals (2008/2009) hatten wir noch nicht diesen Mist wie heute. Ich wünsch Dir alles Gute und viel Erfolg beim Hausbau, es geht alles auch wenn man oft nicht mehr daran glauben mag.
Schicker Heizöllaster, allzeit gute Fahrt damit!
Die fehlende Ausstattung wird aber sicher durch den gesteigerten Fahrspaß aufgewogen 
Remoteleitung kann man gleich mit nach vorne ziehen oder am Antennenverstärker abgreifen. Mehrleistung vom Verstärker schadet nicht, muss man beim Einpegeln halt etwas aufpassen. Die Endstufe war ja auch nur ein Beispiel, die kleinen Digitalendstufen gibts von vielen verschiedenen Herstellern oder Du nimmst einen kleinen konventionellen Amp, muss ja nicht neu sein.
Ich hab das Signal einfach vor der Endstufe aufgesplittet und parallel auf die beiden Kanäle gegeben, über einen Cinch-Adapter Buchse auf 2x Stecker. Jeder Kanal befeuert eine Schwingspule. Man kann natürlich auch eine gute Monoendstufe nehmen und die beiden Spulen parallel dranhängen, aber die h/k-Lautsprecher haben 3 Ohm und parallel sind es dann nur noch 1,5 Ohm. Manche Endstufen mögen so niedrige Impedanzen nicht.
Ich hab die Leitungen unter der Mittelkonsole durchgezogen. Verkleidungen im Kofferraum müssen eh raus, Rücksitz ist schnell ausgebaut, dann kommt man ganz gut unter den Teppich.
Hauptärgernis war die Anpassung des Antennensockels an das vorhandene Loch im Blech für die originale Antenne. Da muss man mit nem Dremel oder so ran.
Der h/k Subwoofer hat nicht allzuviel Belastbarkeit, meines Wissens um die 30-40 Watt. Ich hab eine kleine Alpine-Endstufe genommen, die ich eh hatte, mit 2x40 Watt und das reicht mir vollkommen fürs Bassfundament. Ist natürlich nicht zu vergleichen mit "richtigen" Subwoofern aber ich brauch auch keine rollende Disco. Wenn Du so eine kleine Digitalendstufe nimmst wie z.B. eine ESX QM Two wird das dicke reichen, um den h/k zu befeuern und diese kleinen Dinger bekommt man gut eingebaut.
Fur die vollständige h/k-Nachrüstung gibts einige Threads hier im Forum, kannst Dich mal einlesen. Aber wie gesagt, HiFi-System (ist ja bereits vollaktiv) in Verbindung mit einem Sub sollte schon ganz gut klingen.
