Der Diagnoseadapter sollte schon passen, das ist ein normales KKL-Interface mit nem Adapter auf die Webasto. Mit der gleichen Software hab ich damals meine Thermo Top im Touring auslesen können. Wenn keine Verbindung zur Standheizung hergestellt werden kann, dann solltest Du nochmal die Verkabelung überprüfen.
Wie schon geschrieben: Beim E46 muss die Standheizung nicht codiert werden. Die signalisiert nur ans Klimabedienteil, dass jetzt geheizt wird. Das Klimabedienteil schaltet sich dann ein und zwar mit den Einstellungen, die zuletzt aktiv waren. Deshalb sollte man vor Abstellen des Autos die Temperatur voll aufdrehen, die Luftverteilung nach oben auf die Frontscheibe stellen und die Lüftung manuell auf etwa 1/3 Leistung schalten.
Wenn die Standheizung grundsätzlich funktioniert und sich trotzdem nach 10 Minuten abschaltet, wird sie entweder die Wärme nicht los oder sie erkennt Unterspannung. Vielleicht ist auch der Temperatursensor hinüber und die Heizung meint zu überhitzen.