Bist Du denn sicher das der Verdeckkabelbaum in Ordnung ist? Wer hat das repariert?
Klingt für mich so als wäre da noch ein anderes Kabel defekt (Wenn ich es hier ca. 20 cm manuell anhebe kann ich es wieder elektrisch vollständig schliessen). Es muss ja nicht zwingend die Isolierung beschädigt sein, sondern die Litze ist ansich gebrochen und das siehst du dann äußerlich nicht.
Kabelbruch ist beim E46 leider nicht wirklich selten, Heckklappe und Türe (A-Säule) hatte ich schon.
Sei so nett wenn du den Fehler gefunden hast es uns wenigstens mitzuteilen wie Du es gelöst hast.