Ich fürchte, der Rost wird wohl von unten her den Schweller raufgewandert sein. Ursprung sind wohl meist die Löcher, in denen die Clips zur Befestigung der Schwellerverkleidungen stecken. Die Clips beschädigen wohl den Lack und mit genug Zeit und Feuchtigkeit fängt dann leider der Gammel an. Und durch die Kunststoffverkleidung ahnt man leider lange nichts davon...
Das heißt wohl, mal die Schwellerverkleidungen auszuclipsen und einen Blick darunter zu werfen - und sich leider auf mehr Rost gefasst zu machen...
Ich drücke die Daumen, dass es nicht so schlimm wird!
Beim 318i meiner Eltern hab ich kurz nach Kauf auch einen Blick unter die Verkleidungen geworfen. An einer Stelle fing es da auch schon klein an - bei seinerzeit zwar schon knapp 19 Jahren, aber erst 8x.000km (!). Wurde aber unverzüglich beseitigt und alles konserviert. Dennoch erinnert mich Dein Problem daran, mir das lieber mal wieder anzusehen. 
Musste nicht der Tourer hier schon bei irgendwie gut 100.000km bei seinem Touring (aus Österreich > mehr Berge? > mehr Salz?) die Schweller komplett schweißen? 
Bei meiner Limo hab ich letztes Jahr trotz ca. 165.000km glücklicherweise nix gefunden - die war aber auch nie Alltags- und immer Garagenfahrzeug, mehr bei schönem Wetter und wenig im Winter unterwegs. Das ist halt sehr vom Einsatz des Autos abhängig, wann das kommt... ...aber wahrscheinlich kommts beim E46 irgendwann... ...leider kein Ruhmesblatt... 