Das größte Hindernis ist wohl der Rost.
Wenn das Problem in den Griff zu bekommen ist, machst du mit dem e46 auch langfristig nichts falsch.
Es gibt natürlich viele Möglichkeiten im E46 Geld zu versenken, aber ein Finanzieller Totalausfall ist nicht zu erwarten.
Die Bremsleitungen lassen sich auch ohne Demontage der Hinterachse und des Tankes ersetzen, und die Ölwannendichtung ist Materialtechnisch auch kein Groschengrab.
Vielleicht mal andere Werkstätten nach einem besseren Preis abklappern.
Treten die Zündaussetzer etwas verzögert nach dem Kaltstart auf, verschwinden aber wenn man losfährt und der Motor etwas warm ist? Das deutet schon auf die Hydros hin.
Trotzdem würde ich mal die Gasinjektoren Prüfen und reinigen, wenn die verschmutzt sind können die trimwerte einzelner Zylinder so versaut werden, dass es im Benzinbetrieb (kurufristig, beim start) Probleme macht.
Was man machen sollte, wenn der E46 als wirtschaftliches Liebhaberfahrzeug erhalten bleiben soll:
Hinterachse komplett neu lagern, Diff Öl tauschen, Karosse auf Risse kontrollieren, ausschäumen, Bremsleitungen in dem Zuge neu.
Ölwanne runter und Pleuellager neu machen.
Das Getriebe freut sich mittlerweile bestimmt wieder über neues ATF.