Im Fehlerprotokoll fällt mir vor allem "Zündspule Zylinder 3" und "Zylinder 3: Verbrennungsaussetzer" auf.
Praktisch wärs jetzt, wenn du n eigenes Diagnosekabel hättest, dann könntest du bspw die Zündspule zwischen Zylinder 3 und 4 und die Zündkerzen zwischen Zylinder 3 und 2 tauschen und dann mal schauen, ob der Fehler wandert - wenn ja, dann haste den Übeltäter gefunden 
Sorry, erst jetzt gesehen...
...ich meine, dass ich dieses Profil hier für Automate verwendet habe:
https://llamalab.com/automate/community/flows/39650
Hab grad gesehen, dass auch im ibus-app wiki der link, den ich denen geschickt hatte, ergänzt wurde.
Zu deiner Frage:
Ich hab die MTCD Tools nicht zum Laufen gebracht - habe es aber zugegebenermaßen auch nicht lange probiert.
Da ich im Auto ausschließlich Spotify fürs Musikhören nutze, habe ich über "Automate for Android" einfach ein kleines Script gebaut, das beim Einschalten Spotify aufruft und das zuletzt gespielte Lied startet. Keine Ahnung, ob das für dich ein brauchbarer Workaround ist 
Inzwischen hab ich auch von Avin ne Antwort mit nem Link zu nem Softwareupdate bekommen, das das Problem mit dem Piepsen behebt. Da ich nicht weiß, ob ich das hier posten darf, werd ich mal den ibus-leuten den link geben und die werden das dann wahrscheinlich/hoffentlich zum Download anbieten...
Da Warnleuchten aktiv waren, wirst du auch was im Fehlerspeicher vom DSC/ABS stehen haben.
Dort mal reinschauen, dann weißt du, was los ist.
Wichtig: nicht irgendein Universal-Fehlerspeicher-Lesegerät benutzen, sondern die Software von BMW, die mit IN.. beginnt (der Name wird hier im Forum nicht gerne gesehen - aber screenshots von den Fehlercodes in der Software umso lieber - da können wir dir dann auch weiterhelfen)
Außerdem wird bei jedem Zündung einschalten das System geprüft und der Fehler wird sofern aktiv wieder gezeigt. Wenn der Fehler an sich verschwindet , gehen die Lampen auch aus ohne Löschen, Fehler bleibt aber trotzdem gespeichert.
Dazu sollte man noch ergänzen, dass bei einem hinterlegten alten Fehler, der bei der Prüfung nicht mehr auftritt, noch das Dreieck-Symbol und das Bremssymbol gelb aufleuchten - die erlöschen erst dann, wenn nach einigen hundert Metern Fahrt der Fehler nicht erneut auftritt.
Wenn "300 Millisekunden .. von Min auf Max" wirklich so vom Konstruktör vorgesehen ist, dann geht das IMO schon .. in Richtung Fehlkonstruktion.
Beim N42 gibts doch die Möglichkeit, den Betrieb über Drosselklappe statt Valvetronic zu erzwingen, indem man den Positionssensor der Valvetronic absteckt. (falls es n anderer Stecker war, mögen mich die N42-Fahrer bitte korrigieren)
Die Valvetronic fährt dann auf maximalen Hub und die Drosseklappe übernimmt die Steuerung.
Wäre ja nen Versuch wert, mal nachzusehen, ob der Motor dadurch spontaner anspricht
Ganz knapp und einfach erklärt: Die Aufgabe der Membran ist es, feine Öltropfen aus den Öldämpfen den Blowby-Gasen des Kurbelgehäuses herauszufiltern und in die Ölwanne zurückzuführen, während die Gase über die Ansaugbrücke der Verbrennung zugeführt werden.
Ist die Membran gerissen, werden die Dämpfe gar nicht oder schlechter gefiltert und gelangen in die Verbrennung.
...damit will er bestimmt n ausbrechendes Heck in der Kurve verhindern - das hat aerodynamisch schon seinen Sinn! 
Mit Bremsenreiniger kommt man da nicht weit, arbeite am besten mal diese Liste hier ab, das wird mehr bringen:
https://www.e39-forum.de/wcf_wbb4/index.php?media/58-m52tu-m54-m64tu-falschluftlecks-pdf/
