Also ich würde erstmal den Fehlerspeicher löschen und schauen, was dann wieder kommt. Dann kann man gezielter suchen. Könnte mal ne Unterspannung gewesen sein, dann drehen die Steuergeräte durch - oder tatsächlich ein defektes GM, da würde ich aber um ein gebrauchtes schauen und entsprechend codieren. Brauchst natürlich eins das passt, für die LIN-Spiegel.
Das Problem mit der Verdeckklappe ist die bekannte Schwachstelle beim Verriegelungsmotor unter der Rücksitzbank. Wenn der klackert, dann springt das Zahnrad da drin über. Kann man reparieren, gibts etliche Threads hier im Forum dazu, oder halt den Motor komplett ersetzen. Die Entriegelungsfunktion wird tatsächlich vom GM angesteuert, in Kommunikation mit dem CVM (Verdeckmodul), das für den Rest der Verdeckfunktionen zuständig ist. Der Defekt ist aber hier mechanisch, das hörst Du ja.
An Deiner Stelle würde ich mir mal nen User in Deiner Nähe suchen, der Dir bei der Diagnose helfen kann. Beim BMW-Händler ist inzwischen das Wissen um die Eigenheiten beim E46 dünn gesät.