Das HiFi-System beim E46 ist bereits vollaktiv. DIe Endstufe hat eine eingebaute Frequenzweiche und die Lautsprecher werden getrennt angesteuert. Es macht also keinen Sinn, das Signal für den Subwoofer von den Lautsprechern abzugreifen, das sollte man am Ausgang des Radiomoduls machen.
Wenn die vorderen Lautsprecher verzerren, würde ich mal die Sicken überprüfen. Nach so langer Zeit sind die oft im Eimer. Alternative ist natürlich das ganze HiFi-System samt Endstufe rauszuwerfen, neue Endstufe(n), neue Leitungen und neue Lautsprecher ordentlich zu verbauen und das ganze System richtig einmessen.